با این حال، کارشناسان معتقدند هنوز ابهاماتی درباره نحوه رصد اختلاف مالیات پرداخت‌شده در زمان ترخیص و مالیات وصول‌شده در بازار وجود دارد. همچنین مشخص نیست چه نهادی مسئول نظارت بر قیمت نهایی کالاها خواهد بود تا مزیت ناشی از کاهش حقوق ورودی و مالیات کمتر، به مصرف‌کننده منتقل شود و صرفاً موجب افزایش سود واسطه‌ها نشود.

به اعتقاد کارشناسان حوزه تجارت، تحقق کامل اهداف قانون مالیات بر ارزش افزوده نیازمند اتصال کامل اطلاعات میان گمرک، سامانه جامع تجارت، سامانه مؤدیان، سازمان امور مالیاتی و وزارت صمت است. هرچه این سامانه‌ها هماهنگ‌تر عمل کنند، امکان رصد مسیر کالا از زمان ورود تا فروش نهایی افزایش یافته و احتمال فرار مالیاتی، ایجاد رانت و رقابت نابرابر در بازار کاهش خواهد یافت.